2005年

発表者氏名 題名 主催・雑誌名 巻 ページ 開催地・
出版元		 月
Uchiyama,T., Abe,T., Ikemura,T., Watanabe,K. Substrate-induced gene-expression screening of environmental metagenome libraries for isolation of catabolic genes Nature Biotechnology 1 88 - 93
Saka, K.., Tadenuma, M., Nakade, S., Tanaka, N., Sugawara, H., Nishikawa, K., Ichiyoshyi, N., Kitagawa, Mori, H., Ogasawara, N. and Nishimura, A. A Complete Set of Escherichia coli Open Reading Frames ion Mobile Plasmids Facilitating Genetic Studies DNA Research 12 63 - 68
Hayashi,H.,Abe,T.,Sakamoto,M.,Ohara,H.,Ikemura,T., Sakka,K., and Benno,Y. Direct cloning of genes encoding novel xylanases from human gut Canadian Journal of Microbiology 51 251 - 259
Abe,T., Sugawara,H., Kanaya,S., Kinouchi,M., Matsuura,Y., Tokutaka,H., and Ikemura,T. A large-scale Self-Organizing Map (SOM) constructed with the Earth Simulator unveils sequence characteristics of a wide range of eukaryotic genomes Proceedings of Workshop 2005 on Self-Organizing Maps 187 - 194
Abe,T., Ikemura,T., Kanaya,S., Kinouchi,M., and Sugawara,H. A novel bioinformatics strategy for phylogenetic study of genomic sequence fragments: self-organizing map (SOM) of oligonucleotide frequencies Proceedings of Workshop 2005 on Self-Organizing Maps 669 - 676
Sugawara,H., Miyazaki,S., Abe,T., and Shigemoto,Y. Biological Data Anelysis using DDBJ Web services Proceedings of BIOINFO2005 379 - 382
阿部貴志、重元康昌、宮崎智、菅原秀明 Webサービスによるバイオ情報資源の統合化の可能性 第1回バイオ情報学研究会 21 - 28
Abe,T., Sugawara,H., Kinouchi,M., Kanaya,S., and Ikemura,T. Novel Phylogenetic Studies of Genomic Sequence Fragments Derived from Uncultured Microbe Mixtures in Environmental and Clinical Samples DNA Research 12 281 - 290
五條堀孝,菅原秀明 ＤＤＢＪの利用法 共立出版
菅原秀明、深海・小林　薫、宮崎　智、丸山　穣（訳） インターネット生物学 学会出版センター
阿部貴志, 金谷重彦, 木ノ内誠, 池村淑道
コドン使用頻度と生産量との関連
131 - 132
岡田早苗、遠藤明仁、田中尚人、菅原秀明 東京農業大学での乳酸菌データベースとそのデータベース構築
2005年度日本生物工学会乳酸菌工学研究部会
静岡県伊東市
6/10

Sugawara,H.,Tanaka,N.Abe,T.,and Miyazaki,S.
e-Workbench (InforBIO) for Barcoding of Life
The Consortium for the Barcoding of Life
London
2/6
田中 尚人、阿部 貴志、宮崎 智、菅原 秀明
比較ゲノム解析ツール 「G-InforBIO」
第7回ワークショップ 「微生物ゲノム研究のフロンティア」
かずさ(千葉) 3/6
小菅武英、大城戸利久、平畠壮規、田中尚人、重元康昌、宮崎智、阿部貴志、菅原秀明
共通プロトコルによる微生物ゲノムの再アノテーション
第7回ワークショップ 「微生物ゲノム研究のフロンティア」
かずさ(千葉)
3/6
田中尚人、阿部貴志、宮崎智、菅原秀明  微生物データ抽出・分類・同定システム InforBIO の開発  2005年度日本農芸化学会大会  札幌  3/29 
Tanaka,N., Miyazaki,S. and Sugawara,H.  Effects of zinc accumulation on antibiotic resistance of Stenotrophomonas maltophilia  105th General Meeting, American Society of Microbiology  Atlanta (U.S.A)  6/6 
田中尚人, 宮崎智, 菅原秀明  Stenotrophomonas maltophilia のーラクタマーゼ活性について  日本微生物資源学会第１２回大会  かずさ(千葉)  6/21 
Tanaka,N., Abe,T., Miyazaki,S. and Sugawara,H.  G-InforBIO: Integrated system for comparative genome analysis  The 13th Annual International conference on Intelligent Systems for Molecular Biology, The International Society for Computational Biology  Detloit (U.S.A)  6/27 
平畠壮規, 田中尚人, 重元康昌, 阿部貴志, 菅原秀明  細菌毒素データベースの構築  日本微生物資源学会第１２回大会  かずさ（千葉）  6/21 
Hirahata,M.,Miyazaki,S.,Abe,T., Shigemoto,Y., Sugawara,H.   Genome Information Broker for Viruses genome (GIB-V): Viruses genome database for comparative analysis  The 13th Annual International conference on Intelligent Systems for Molecular Biology, The International Society for Computational Biology  Detloit (U.S.A)  6/27 
Abe,T., Ikemura, Y., Kinouchi,M., Kanaya,S.and Sugawara,H.  A Novel Bioinformatics Approach for Microbial diversity of Environmental Samples on the basis of Self-Organizing Map (SOM)  The 13th Annual International conference on Intelligent Systems for Molecular Biology, The International Society for Computational Biology  Detloit (U.S.A)  6/27 
阿部貴志、池村淑道、金谷重彦、木ノ内誠、上月登喜男、中川智、菅原秀明  環境由来DNA配列解析に基づく培養困難な微生物群の系統推定のための新規な情報学的手法：自己組織化地図法(Self-Organizing Map)  第7回ワークショップ 「微生物ゲノム研究のフロンティア」  かずさ（千葉）  3/6 
Abe,T., Ikemura,T.,Kozuki,T., Nakagawa,S., Kinouchi,M., Kanaya,S. and Sugawara,H.  A Novel Bioinformatics Approach for Phylogenetics Analyses of Environmental and Clinical Samples on the Basis of Self-Organizing Map (SOM).   Human Genome Meeting 2005  Kyoto (Japan)  4/20 
内山拓、阿部貴志、池村淑道、渡辺一哉  SIGEX法により選択されたメタゲノム断片の解析  2005年度日本農芸化学会大会  札幌  3/29 
阿部貴志, 池村淑道, 金谷重彦, 木ノ内誠, 菅原秀明   自己組織化地図法(Self-Organizing Map)に基づいた環境由来DNA配列からの微生物多様性解明  日本微生物資源学会第１２回大会  かずさ  6/21 
Abe,T.,Sugawara, H., Kanaya,S., Kinouchi,M., Matsuura,Y., Tokutaka,H. and Ikemura,T.   A large-scale Self-Organizing Map (SOM) constructed with the Earth Simulator unveils sequence characteristics of a wide range of eukaryotic genomes  Workshop 2005 on Self-Organizing Maps  Paris (France)  9/6 
Abe,T., Ikemura,T., Kanaya,S., Kinouchi,M. and Sugawara,H.  A novel bioinformatics strategy for phylogenetic study of genomic sequence fragments: self-organizing map (SOM) of oligonucleotide frequencies  Workshop 2005 on Self-Organizing Maps  Paris (France)  9/7 
Sugawara,H.,Miyazaki,S., Abe,T., Shigemoto,Y.  Biological Data Anelysis using DDBJ Web services  BIOINFO2005  Pusan (korea)  9/24 
阿部貴志、重元康昌、宮崎智、菅原秀明、  Webサービスによるバイオ情報資源の統合化の可能性  第1回バイオ情報学研究会  お台場(東京)  7/19 
阿部貴志・田中尚人  メタゲノム解析と情報学的手法を駆使したアカシボの微生物叢の解明  アカシボ研究集会  札幌  10/28 
Abe,T., Ikemura,T., Kinouchi,M.,Kanaya,S. and Sugawara,H.  Novel Phylogenetic Studies of Environmental DNA Sequence Fragments Derived from Uncultured Microbe Mixtures.  GSAC 2005  Hilton Head (U.S.A)  10/17 
森浩禎、林晃司、諸岡直樹、堀内嵩、小菅武英、阿部貴志、馬場智哉、中東憲治  An E. coli annotation snapshot 2005  正確なE. coli K-12株のゲノム配列に基づく高精度なアノテーション  第28回日本分子生物学会年会  博多  12/8 
小林久人、阿部貴志、小原雄治、池村淑道、佐々木裕之  マウスインプリンティング遺伝子のDMRに共通な特徴  第28回日本分子生物学会年会  博多  12/8 
川本祥子、荒木次郎、宮崎智、阿部貴志、重元康昌、五条堀孝、伊藤武彦、谷口丈晃、近藤隆、白井康之、市吉伸行、小林悟志、水田洋子、出宮スウェンミノル、ムリアディヘンドリー、鈴木聡、塚本ゆみ、許山肖子、久木田加津子、北本朝展、武田英明、菅原秀明、藤山秋佐夫  日本語バイオポータル：バイオ情報共有基盤とポータルサイトの開発  第28回日本分子生物学会年会  博多  12/8 
重元康昌、平畠壮規、田中尚人、阿部貴志、菅原秀明  日本語バイオポータル：ゲノムメニュー  第28回日本分子生物学会年会  博多  12/8 
菅原秀明、重元康昌、田中尚人、平畠壮規、阿部貴志  日本語バイオポータル：バイオWebサービスの発見と統合  第28回日本分子生物学会年会  博多  12/8 
荒木次郎、谷口丈晃、伊藤武彦、出宮スウェンミノル、川本祥子、黒木陽子、田中尚人、阿部貴志、宮崎智、菅原秀明、藤山秋佐夫  日本語バイオポータル：ユーザのあいまいな解析要求を実現するためのタスクオントロジの整備  第28回日本分子生物学会年会  博多  12/8 
平畠壮規、宮崎智、阿部貴志、桑名良和、重元康昌、菅原秀明  比較ゲノム機能を備えたウィルスゲノムデータベースGenome Information Broker for Viral genomes (GIB-V)の開発  第28回日本分子生物学会年会  博多  12/8 
田中尚人、阿部貴志、宮崎智、菅原秀明  ゲノム情報活用ツール「G-InforBIO」  第28回日本分子生物学会年会  博多  12/8 
小菅武英、阿部貴志、舘野義男、菅原秀明  真正細菌・古細菌ゲノムをターゲットとしたISデータベースの構築  第28回日本分子生物学会年会  博多  12/8 
阿部貴志、池村淑道、木ノ内誠、金谷重彦、菅原秀明  環境由来DNA配列を用いた自己組織化地図法(Self-Organizing Map)による培養困難な微生物群の系統推定手法の開発  第28回日本分子生物学会年会  博多  12/8 
菅原秀明  生命科学特論    青山大学  5/26 
菅原秀明  Robust&advanced technologies for the information sharing & diffusion Useful tools for the data analysis from phenome to genome  Workshop on Bioresource Information Management(BIM)  バンコク  11/2 
阿部貴志  バイオデータベース検索の基礎１  バイオインフォマティクス講座  沼津産業振興プラザ  1/15 

Updated 11 May. 2006