ODEN 形式の系統樹データファイルについて

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　ODEN 形式の系統樹ファイルは、行のはじめの文字が '>' の場合は、コメント行として無視されます。コメント行は、ファイルの先頭か末尾のみに置くことができます。行のはじめの文字が 'O'（半角大文字のオー）の場合は、同じ行の中で tab を探し、tab 以後の文字列をＯＴＵの名前として読み込みます。また、ＯＴＵの名前は、空白行やコメント行をはさまずに、連続した行に書かれている必要があります。ＯＴＵの名前の長さは、半角文字で 255 文字、全角文字で 127 文字までです。

　DNA の塩基配列データを用いて、ODEN 形式の系統樹データを作成するには、国立遺伝学研究所のコンピュータ supernig 上で公開されている分子進化学解析ソフトパッケージ、ODEN（伊奈康夫、作）を利用します。ODEN を利用して、系統樹データファイルを作成するには、ODEN の中の treenj と treeupg を、必ず '-g' オプションを付けて実行します（重要です。これを忘れると DendroMaker は正常に動作しません）。その出力を、リダイレクトを使ってファイルに落し、ftp であなたのパーソナルコンピュータにダウンロードします。系統樹データファイルの中には、tab キーが入っていますので、必ず ftp を使ってダウンロードしてください。

<例>
supernig% oden
supernig% distn sequence.dat | dmatn | treenj -g > NJ.TRE
supernig% distn sequence.dat | dmatn | treeupg -g > UPG.TRE
supernig% exit
supernig% ftp (IP address of your personal computer)
ftp> mput NJ.TRE
ftp> mput UPG.TRE
ftp> quit
supernig%