２．入力ファイル
　データファイルのフォーマットについては、サンプル（NHF.TRE と ODEN.TRE）が付属していますので、それらを参照して下さい。データファイルはテキストファイルですので、ワープロで修正すれば、ＯＴＵの名前などを変更することができます。Newick Standard (New Hampshire Format) の形式には、最も外側の括弧の要素が２つの場合（有根系統樹）と３つの場合（無根系統樹）があります。DendroMaker はどちらのデータも読み込むことができます。Newick Standard (New Hampshire Format) の詳細については、こちらをご覧下さい。DendroMaker は以前から使用していた ODEN 形式の系統樹ファイルにも、対応しています。この形式の詳細については、こちらをご覧下さい。ＯＴＵの名前の長さは、半角文字で 255 文字、全角文字で 127 文字までです。ＯＴＵの数に制限はありません。

３．系統樹編集画面
　全てのコマンドは、マウスでメニューから選んで実行できます。また、ほとんどのコマンドには、キーボード・ショートカットを設定してあります。コマンドの一覧表は、アップルメニューからヘルプを選択すると表示されます。以下に、DM4.1 のコマンドを解説します。

「系統樹の変形」メニュー
　　Ｔ　：　ルートの位置を、最も離れた２つのＯＴＵの経路上の中点へ移動します。
　↑↓　：　ルートの位置を一段階移動します。上矢印の場合は、現在のルートから上側
　　　　　　のノードの、さらに上側の枝の中点へ移動します。下矢印の場合は、現在の
　　　　　　ルートから下側のノードの、さらに下側の枝の中点へ移動します。
　　Ｄ　：　系統樹のルートの枝を表示、または消去します。
　　Ｇ　：　ルートにつく２本の枝の長さの比率を変えます。ルートから上に伸びる枝の
　　　　　　長さをＸ、下に伸びる枝の長さをＹとしたとき、Ｘ：Ｙ＝１：Ｚの、Ｚにあ
　　　　　　たる数字を実数で入力します。
　　Ｅ　：　指定した番号のノード（分岐点）で、上下の枝を入れ替えます。
　１２３：　すべてのノードで上下の枝を入れ替え、系統樹の中のクラスターをわかりや
　　　　　　すくします。１だと全体に上に寄せる、２だと下に寄せる、３だと中央に寄
　　　　　　せた感じになります。
　　Ｍ　：　各ＯＴＵの名前を表示、または消去します。名前と番号の両方を、同時に表
　　　　　　示することはできません。
　　Ｎ　：　各ＯＴＵの番号を表示、または消去します。
　　Ｂ　：　各枝の長さを表示、または消去します。
　　Ｊ　：　スケールを表示します。希望するスケールの長さを、実数で入力してくださ
　　　　　　い。異なる長さのスケールを、重ね書きできます。数字が大きすぎると、画
　　　　　　面に表示されません。
　　Ｋ　：　スケールを消去します。
　＋−　：　系統樹の線を太く（＋）または細く（−）します。４段階に調節できます。
　　Ｆ　：　系統樹を描くウインドウのマージン幅を変更します。上下左右のマージン幅
　　　　　　を整数で指定します。現在のマージン幅がデフォールトとして表示されま
　　　　　　す。（100-200）とは、100 から 200 の間の数字が入力できることを意味し
　　　　　　ます。左マージンを 0 にすると、ルートの枝が表示されなくなります。
　　Ｌ　：　ＯＴＵの間隔を変更します。


「ファイル」メニュー
　　Ｏ　：　新しいデータファイルを読み込み、系統樹を描きます。
　　Ｗ　：　系統樹画面を閉じます。
　　Ｓ　：　系統樹の情報ファイルをODEN形式で保存します。
　　Revert：　系統樹を編集前の状態に戻します。
　　Save As NHF：　系統樹の情報ファイルをNHF(Rooted)、またはNHF(Unrooted)形式
　　　　　　　　　で保存します。
　　Save As PICT File：　系統樹の画像をPICTファイルとして保存します。
　　Ｐ　：　系統樹を印刷します。
　　Ｑ　：　プログラムを終了します。

４．ルートの決め方
　無根系統樹でルートの位置を変えるには、↑↓コマンドとＥコマンドを組み合せて使います。つまり、ルートにしたい位置を決めたら、それをＥコマンドと↑↓コマンドで段階的に移動することにより、最終的に希望する枝の上にルートを移動します。さらにＧコマンドを使って、ルートから派生する２本の枝の長さの比率を調節すれば、系統樹上の任意の点にルートを移動させることが可能です。この操作には多少の熟練が必要ですが、覚えてしまえば簡単です。
　念のために述べますと、ＮＪ法などの無根系統樹はルートのない系統樹です。ルートの位置を決めるには、明らかに遠い関係にあるＯＴＵをアウトグループとして使うなどの工夫が必要です。本プログラムのＴコマンドでは、比較した全てのＯＴＵの間で最も遠い関係にあるペアを探し、その中点をルートにしています。したがって、この操作で得られたルートの位置は、必ずしも正しいルートの位置とは限りません。

５．印刷方法
　画面に表示した系統樹は、「Sava As PICT」コマンドで、PICT形式のファイルに保存することができます。PICT形式のファイルは、さまざまなグラフィクスを扱うソフトで読み込むことができ、さらに編集をすることができます。DendroMakerから直接プリンターに印刷することも可能です。なお、バージョン３で対応していたポストスクリプト形式のファイルへの出力コマンドは、バージョン４では削除されました（要望があれば対応を検討します）。

６．問題点
　これまでにわかっている問題点を列挙します。実用上、問題にならないとは思いますが、気をつけてください。将来は改良しようと考えています。さらに問題点を発見したら、作者にご連絡いただければ幸いです。

　その１：新規データファイルの読み込み時に、間違ったフォーマットのファイルを選択すると、プログラムが異常終了することがある。